Kurz gesagt: die drei Tests messen drei verschiedene Dinge, und einer ersetzt den anderen nicht.
HPLC zeigt dir vor allem die Reinheit – also wie groß der Hauptpeak im Vergleich zu Nebenpeaks / Verunreinigungen ist. Was genau hinter einem Nebenpeak steckt, sagt die HPLC allein aber nicht.
LC-MS kombiniert die Trennung mit der Massenbestimmung. Dadurch lässt sich die Identität besser bestätigen und man erkennt z. B. eher, ob es sich um das erwartete Molekül handelt oder um verkürzte / veränderte Varianten. Auch das ist aber keine Endotoxin-Aussage.
Endotoxin wird separat getestet, meist mit LAL-Test, und in EU/ml angegeben. Weder HPLC noch MS erfassen das. Das ist der Punkt, der aus Harm-Reduction-Sicht zählt: Endotoxine sind hitzestabil, man sieht / riecht sie nicht, und „nichts gemerkt" ist kein Nachweis, dass ein Batch sauber war. Fieber / Schüttelfrost nach einer Injektion kann ein Hinweis sein, muss aber nicht auftreten – und umgekehrt beweist das Ausbleiben nichts.
Deswegen: wenn du vorsichtig sein willst, ist die Kombination sinnvoll – HPLC für Reinheit, MS für Identität, plus ein separat ausgewiesener Endotoxin-Wert mit Methode und Grenzwert, der zum gleichen Batch gehört. Ein einzelnes CoA für eine andere Charge sagt über deine Charge wenig aus, weil die Werte von Batch zu Batch schwanken können.
Teuer ist es, ja – aber gerade bei Endotoxin geht es nicht um „mehr Reinheit", sondern um einen eigenen Risikofaktor, den die anderen beiden Tests gar nicht abdecken.